1.医学微生物学：主要研究与人类疾病相关的病原微生物（如细菌、病毒等）的生物学特性、致病机制及防治措施。

2.环境微生物学：关注环境中微生物的作用和影响，包括土壤、水体中的微生物群落结构及其生态功能，涉及污染治理、生物修复等领域。

3.工业微生物学：利用微生物进行发酵生产各种有用物质，比如食品添加剂、酶制剂、抗生素和其他药物的研发制造过程。

4.农业微生物学：侧重于植物根际促生菌(PGPR)、固氮菌等有益微生物在农业生产上的应用；同时也探讨农作物病害防控中抗性品种选育相关问题。

5.分子微生物学/合成生物学：采用现代基因工程技术改造或创建新型功能性微生物系统，用于特定任务执行或者科学研究目的。

6.海洋微生物学：探究海洋生态系统内独特的微小生命形式，揭示它们在全球碳循环及其他重要地球化学过程中扮演的角色。

7.真菌学：专注于各类大型真核微生物——即霉菌、酵母菌以及其他丝状真菌的基础理论探索和技术开发工作。

8.噬菌体生物学：专门针对以感染其他细菌为特征的一类特殊病毒展开深入调查分析，并尝试将其应用于临床治疗领域。

9.免疫微生物组学：结合宿主-共生关系理解人体内部特别是肠道内的微生物组成如何调控机体免疫力水平变化规律。

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